Tác giả: Lê Hồng Hiệp

Xem thêm: Các chương khác trong bản thảo “Vượt ra ngoài gia công” 

Tóm tắt

• • Về bản chất kinh tế, ưu đãi thuế và tài trợ trực tiếp đều hướng tới cùng một mục tiêu: giảm chi phí sau thuế của hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D). Tuy nhiên, hai công cụ này vận hành theo những logic hành chính gần như đối lập. Tài trợ trực tiếp được phê duyệt trước khi kinh phí được giải ngân, nên quyết định của cơ quan nhà nước luôn gắn với trách nhiệm giải trình. Ngược lại, ưu đãi thuế chỉ được doanh nghiệp yêu cầu sau khi khoản chi R&D đã phát sinh và chỉ được cơ quan thuế xem xét nếu sau này có thanh tra. Vì vậy, khả năng áp dụng rộng rãi công cụ ưu đãi thuế không phụ thuộc chủ yếu vào mức độ tham vọng của chính sách, mà vào năng lực của cơ quan thuế trong việc xác minh liệu khoản chi được kê khai có thực sự là hoạt động R&D hay chỉ là chi phí sản xuất, kinh doanh thông thường được “gắn nhãn” để hưởng ưu đãi.
  • Ireland xây dựng một kiến trúc ưu đãi R&D dựa trên ba trụ cột: thuế thu nhập doanh nghiệp phổ thông 12,5%; tín dụng thuế R&D hiện tương đương 35% chi phí hợp lệ và được hoàn bằng tiền mặt trong ba năm; cùng cơ chế Hộp Phát triển Tri thức (Knowledge Development Box) áp dụng thuế suất hiệu dụng 6,25% đối với thu nhập từ sáng chế và phần mềm có bản quyền. Hệ thống này góp phần đưa Ireland trở thành điểm đến của nhiều tập đoàn công nghệ và dược phẩm hàng đầu như Apple, Google, Intel và Pfizer, đồng thời duy trì cường độ đầu tư R&D ở mức rất cao so với quy mô nền kinh tế. Tuy nhiên, thành công đó cũng kéo theo những hệ quả đáng kể: nguồn thu thuế doanh nghiệp phụ thuộc quá lớn vào một số tập đoàn đa quốc gia của Mỹ; số liệu kinh tế quốc gia bị bóp méo đến mức xuất hiện khái niệm “nền kinh tế yêu tinh” (leprechaun economics);[1] và toàn bộ hệ thống hiện phải điều chỉnh để thích ứng với cơ chế thuế tối thiểu toàn cầu của OECD, vốn được thiết kế nhằm hạn chế chính mô hình cạnh tranh thuế mà Ireland theo đuổi.[2]
  • Singapore không lựa chọn giữa ưu đãi thuế diện rộng và ưu đãi mang tính tùy nghi mà kết hợp đồng thời cả hai. Mọi doanh nghiệp đều có thể tự động được khấu trừ tới 400% khoản chi R&D hợp lệ đầu tiên trị giá 400.000 đô la Singapore theo cơ chế tự kê khai, đồng thời các doanh nghiệp chưa phát sinh nghĩa vụ thuế có thể nhận một khoản hỗ trợ tiền mặt ở quy mô hạn chế. Đối với các dự án lớn có ý nghĩa chiến lược, Chính phủ Singapore đàm phán riêng với doanh nghiệp thông qua Ủy ban Phát triển Kinh tế (EDB), cho phép áp dụng mức thuế suất ưu đãi từ 5% đến 15% đối với thu nhập từ tài sản trí tuệ. Tuy nhiên, bất chấp hệ thống ưu đãi được thiết kế và quản lý rất hiệu quả, cường độ R&D của Singapore hầu như không tăng kể từ sau năm 2008, trong khi các doanh nghiệp có vốn nước ngoài vẫn chiếm hơn ba phần tư tổng chi tiêu R&D của khu vực tư nhân. Điều này cho thấy một cơ chế ưu đãi thuế, dù được vận hành tốt đến đâu, cũng không thể tự tạo ra một hệ sinh thái nghiên cứu bản địa nếu nền kinh tế chưa có nền tảng doanh nghiệp đổi mới sáng tạo đủ mạnh.[3]
  • Kiến trúc ưu đãi thuế R&D hiện nay của Việt Nam vẫn còn hẹp và phụ thuộc nhiều vào cơ chế xét duyệt. Mặc dù pháp luật quy định các mức thuế suất ưu đãi từ 10% đến 17%, doanh nghiệp chỉ được hưởng nếu được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao. Điều kiện để đạt chứng nhận này đòi hỏi doanh nghiệp phải duy trì trong ba năm liên tục mức chi R&D được kiểm toán tối thiểu bằng 1% doanh thu, doanh thu từ sản phẩm công nghệ cao chiếm từ 60–70% tổng doanh thu, đồng thời đáp ứng nhiều tiêu chí khác về nhân lực và hồ sơ kế toán. Những yêu cầu này gần như vượt quá khả năng của các doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, vốn chưa có doanh thu hoặc mới ở giai đoạn đầu phát triển.[4]
  • Việt Nam đã bắt đầu cải cách chính sách ưu đãi thuế R&D, nhưng phạm vi cải cách vẫn khiêm tốn hơn so với ấn tượng ban đầu. Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp mới và Nghị định 320 hướng dẫn thi hành, có hiệu lực từ cuối năm 2025, lần đầu tiên đưa vào cơ chế siêu khấu trừ (super deduction) ở mức 200% đối với các khoản chi R&D hợp lệ. Tuy nhiên, cơ chế này không được phép làm phát sinh hoặc gia tăng khoản lỗ chịu thuế. Điều đó đồng nghĩa với việc các doanh nghiệp đang thua lỗ — vốn là đặc điểm phổ biến của phần lớn doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo trong giai đoạn đầu — sẽ không được hưởng lợi từ chính sách vào đúng thời điểm họ cần hỗ trợ nhất. Quan trọng hơn, hiệu quả thực tế của cơ chế siêu khấu trừ không chỉ phụ thuộc vào quy định pháp luật mà còn vào năng lực thực thi của cơ quan thuế. Câu hỏi cốt lõi là liệu cơ quan thuế Việt Nam có đủ khả năng xác định một khoản chi được kê khai có thực sự là hoạt động R&D hay không. Đây là một đánh giá mang tính khoa học và công nghệ, vượt ra ngoài phạm vi kiểm tra kế toán hoặc xác minh hóa đơn thông thường.[5]
  • Vì vậy, khuyến nghị của chương này không phải là Việt Nam nên ngay lập tức chuyển sang mô hình tín dụng thuế tự động như Ireland — vốn có thể trở thành một lỗ hổng thất thu ngân sách nếu thiếu năng lực kiểm soát, hoặc chỉ tồn tại trên danh nghĩa nếu cơ chế thực thi không vận hành hiệu quả. Ngược lại, việc duy trì nguyên trạng cũng không phải là lựa chọn phù hợp, bởi hệ thống hiện nay lại loại trừ chính những doanh nghiệp trẻ và đổi mới sáng tạo mà chính sách hướng tới hỗ trợ. Thay vào đó, chương đề xuất một lộ trình cải cách theo từng bước. Trước hết, cần mở rộng phạm vi áp dụng cơ chế siêu khấu trừ để các doanh nghiệp khởi nghiệp đang thua lỗ cũng có thể tiếp cận lợi ích của chính sách. Song song với đó, Việt Nam cần xây dựng năng lực đánh giá kỹ thuật cho cơ quan thuế thông qua cơ chế phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ. Cuối cùng, chính sách phải được thiết kế ngay từ đầu để hạn chế tổn thất vô ích (deadweight loss) — tức tình trạng ngân sách nhà nước phải hỗ trợ cho những hoạt động R&D mà doanh nghiệp vốn đã dự định thực hiện ngay cả khi không có ưu đãi thuế. Như các nghiên cứu của OECD đã chỉ ra, đây là vấn đề mà hầu như mọi cơ chế ưu đãi thuế R&D đều phải đối mặt. Nếu không xử lý tốt thách thức này, sẽ rất khó bảo đảm rằng công cụ tài khóa thực sự tạo ra hoạt động đổi mới sáng tạo bổ sung, thay vì chỉ làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

Giới thiệu

Các chính phủ về cơ bản có hai cách để giảm chi phí nghiên cứu và phát triển (R&D) của khu vực tư nhân. Cách thứ nhất là hỗ trợ tài chính trực tiếp trước khi hoạt động nghiên cứu diễn ra; cách thứ hai là ưu đãi thuế sau khi doanh nghiệp đã thực hiện hoạt động R&D. Về phương diện kinh tế, hai công cụ này đều nhằm giảm chi phí biên của hoạt động nghiên cứu và phát triển, qua đó khuyến khích doanh nghiệp đầu tư nhiều hơn cho đổi mới sáng tạo. Tuy nhiên, xét dưới góc độ quản trị nhà nước, chúng lại dựa trên hai logic hoàn toàn khác nhau.

Tài trợ trực tiếp là một quyết định tiền kiểm (ex ante). Cơ quan nhà nước xem xét hồ sơ, quyết định có cấp kinh phí hay không, đồng thời phải chịu trách nhiệm giải trình nếu khoản tài trợ không mang lại kết quả như kỳ vọng. Ngược lại, ưu đãi thuế là một cơ chế hậu kiểm (ex post). Doanh nghiệp tự kê khai khoản ưu đãi sau khi đã phát sinh chi phí R&D, còn vai trò của cơ quan thuế chỉ xuất hiện khi tiến hành thanh tra hoặc kiểm tra. Điều này đặt ra một yêu cầu hoàn toàn khác: cơ quan thuế không chỉ phải xác minh tính hợp lệ về kế toán của khoản chi, mà còn phải đánh giá liệu hoạt động được kê khai có thực sự là nghiên cứu và phát triển hay chỉ là các công việc kỹ thuật hoặc cải tiến thông thường được gắn nhãn R&D để hưởng ưu đãi thuế.

Chính câu hỏi tưởng như mang tính kỹ thuật này lại là nền tảng của toàn bộ chính sách ưu đãi thuế đối với R&D. Khả năng triển khai một cơ chế ưu đãi thuế không phụ thuộc chủ yếu vào mức độ hào phóng của chính sách, mà vào năng lực thể chế của cơ quan thuế trong việc đưa ra những đánh giá có bản chất khoa học và công nghệ, chứ không chỉ là những đánh giá tài chính hay kế toán.

Ireland và Singapore đã trả lời bài toán này theo hai cách rất khác nhau. Chính vì vậy, giá trị của việc nghiên cứu hai trường hợp này không nằm ở chỗ tìm kiếm một “mô hình chuẩn” để sao chép, mà ở việc hiểu những lựa chọn thể chế khác nhau mà mỗi quốc gia đã thực hiện.

Ireland xây dựng gần như toàn bộ chiến lược thu hút đầu tư công nghệ cao trên nền tảng chính sách thuế. Mô hình này kết hợp thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp thấp, tín dụng thuế R&D quy mô lớn và cơ chế Hộp Phát triển Tri thức (Knowledge Development Box) dành cho thu nhập từ tài sản trí tuệ. Tất cả đều vận hành theo nguyên tắc doanh nghiệp tự kê khai và cơ quan thuế thanh tra sau đó.[6]

Trong khi đó, Singapore lựa chọn một cách tiếp cận linh hoạt hơn. Đối với phần lớn doanh nghiệp, nước này áp dụng cơ chế khấu trừ thuế tự động theo quy định của pháp luật. Nhưng đối với những dự án đầu tư lớn hoặc có ý nghĩa chiến lược, Chính phủ lại sử dụng cơ chế đàm phán riêng thông qua Ủy ban Phát triển Kinh tế (EDB) trước khi quyết định áp dụng các ưu đãi thuế đặc biệt.[7]

Đặt cạnh nhau, hai trường hợp này cho thấy lựa chọn chính sách không đơn thuần là giữa ưu đãi thuế và tài trợ trực tiếp. Vấn đề quan trọng hơn là Nhà nước muốn giao bao nhiêu trách nhiệm đánh giá và kiểm chứng cho cơ quan thuế sau khi doanh nghiệp đã thực hiện chi tiêu, và muốn giữ lại bao nhiêu quyền quyết định ở các cơ quan có thể thẩm định và lựa chọn dự án ngay từ đầu.

Đồng thời, cũng cần nhìn nhận rằng cả hai mô hình đều chưa phải lời giải hoàn hảo. Hệ thống của Ireland vận hành hiệu quả hơn nhiều đối với các doanh nghiệp lớn có đội ngũ tư vấn chuyên nghiệp, trong khi các doanh nghiệp nhỏ gặp nhiều khó khăn hơn trong việc tiếp cận ưu đãi. Ngược lại, Singapore dù sở hữu một hệ thống quản lý rất hiệu quả vẫn chưa xây dựng được một khu vực doanh nghiệp nội địa có cường độ R&D tương xứng với quy mô đầu tư nghiên cứu của các tập đoàn đa quốc gia. Vì vậy, việc xem một trong hai quốc gia là hình mẫu hoàn chỉnh để Việt Nam học tập sẽ là một cách tiếp cận đơn giản hóa quá mức.

Đối với Việt Nam, câu chuyện này đặc biệt có ý nghĩa nếu đặt trong bối cảnh các chương trước của cuốn sách. Chương 1 chỉ ra rằng Quỹ Đổi mới Công nghệ Quốc gia (NATIF) có xu hướng ưu tiên bảo toàn vốn hơn là chấp nhận rủi ro. Chương 2 cho thấy các cơ chế bảo lãnh tín dụng cũng thiên về những công cụ dễ kiểm toán và dễ giải trình hơn là những công cụ khuyến khích đổi mới sáng tạo ở mức cao. Chính sách ưu đãi thuế R&D tiếp tục phản ánh cùng một khuynh hướng đó, nhưng với một thách thức lớn hơn nhiều.

Nếu một cán bộ tín dụng chỉ cần xác minh giá trị tài sản bảo đảm hoặc năng lực tài chính của doanh nghiệp, thì một cán bộ thuế lại phải trả lời một câu hỏi hoàn toàn khác: liệu khoản chi mà doanh nghiệp kê khai có thực sự tạo ra tri thức hoặc công nghệ mới hay không. Đây là một đánh giá mang tính khoa học và công nghệ, vượt xa phạm vi chuyên môn truyền thống của ngành thuế.

Vì vậy, mục tiêu của chương này không phải là chứng minh rằng Việt Nam nên chuyển ngay sang một cơ chế ưu đãi thuế diện rộng theo mô hình Ireland, cũng không phải bảo vệ cơ chế hỗ trợ có điều kiện hiện nay. Thay vào đó, chương tập trung trả lời ba câu hỏi thực chứng. Thứ nhất, một cơ chế ưu đãi thuế R&D diện rộng đòi hỏi những điều kiện thể chế gì để có thể vận hành hiệu quả? Thứ hai, cơ quan thuế Việt Nam hiện đã đáp ứng được những điều kiện đó đến đâu? Và cuối cùng, nếu câu trả lời là chưa, Việt Nam cần xây dựng năng lực thể chế như thế nào để có thể triển khai công cụ này một cách an toàn và hiệu quả trong tương lai?

Kinh nghiệm quốc tế

Canh bạc của Ireland với bộ luật thuế: Cơ chế tín dụng thuế diện rộng và những giới hạn của nó

Mô hình thuế thấp của Ireland không khởi nguồn từ chính sách ưu đãi R&D mà từ chiến lược thu hút đầu tư hướng vào xuất khẩu từ những năm 1950. Bước ngoặt đầu tiên là việc áp dụng mức thuế 10% đối với hoạt động sản xuất vào năm 1981. Sau đó, trong giai đoạn 1997–2003, Chính phủ Ireland từng bước hợp nhất các cơ chế ưu đãi khác nhau thành một mức thuế thu nhập doanh nghiệp thống nhất 12,5% đối với thu nhập từ hoạt động thương mại.[8] Chính nền tảng này đã tạo điều kiện để các ưu đãi dành cho R&D phát huy hiệu quả về sau.

Tín dụng thuế R&D được đưa vào áp dụng từ năm 2004 và liên tục được mở rộng trong hơn hai thập kỷ qua. Mức tín dụng ban đầu là 20%, tăng lên 25%, sau đó đạt 30% theo Đạo luật Tài chính (số 2) năm 2023 và tiếp tục nâng lên 35% theo Đạo luật Tài chính năm 2025.[9] Khoản tín dụng này được hưởng đồng thời với khoản khấu trừ thông thường theo thuế suất doanh nghiệp 12,5%, nhờ đó tổng giá trị hỗ trợ có thể tương đương khoảng 47,5% chi phí R&D hợp lệ.

Điểm đáng chú ý nhất của hệ thống Ireland không nằm ở mức ưu đãi mà ở cơ chế hoàn thuế bằng tiền mặt. Nếu doanh nghiệp chưa có đủ nghĩa vụ thuế để sử dụng hết khoản tín dụng, phần còn lại sẽ được Nhà nước hoàn trả bằng tiền trong thời hạn ba năm. Trong các lần sửa đổi gần đây, Chính phủ Ireland cũng từng bước nâng mức hoàn ngay trong năm đầu tiên nhằm giúp các doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp đang thua lỗ tiếp cận nguồn hỗ trợ nhanh hơn, thay vì phải chờ hết chu kỳ ba năm.[10]

Bên cạnh tín dụng thuế R&D, Ireland còn triển khai Knowledge Development Box (KDB) theo Đạo luật Tài chính năm 2015. Theo cơ chế này, thu nhập từ sáng chế và phần mềm có bản quyền chỉ chịu mức thuế suất hiệu dụng 6,25%, bằng một nửa thuế suất doanh nghiệp thông thường. Tuy nhiên, doanh nghiệp chỉ được hưởng ưu đãi nếu phần lớn hoạt động nghiên cứu tạo ra tài sản trí tuệ đó thực sự được tiến hành tại Ireland. Thiết kế này tuân thủ nguyên tắc modified nexus[11] của OECD, theo đó ưu đãi thuế phải gắn với hoạt động nghiên cứu thực chất, thay vì chỉ với địa điểm doanh nghiệp đăng ký pháp nhân.[12]

Toàn bộ hệ thống được vận hành theo cơ chế tự kê khai và hậu kiểm. Doanh nghiệp tự xác định khoản tín dụng thuế được hưởng và kê khai cùng hồ sơ thuế hằng năm, còn Cơ quan Thuế Ireland (Revenue Commissioners) chỉ tiến hành kiểm tra sau đó nếu thấy cần thiết. Trọng tâm của hoạt động thanh tra không phải là xác minh chứng từ kế toán, mà là đánh giá liệu dự án được kê khai có đáp ứng “phép thử khoa học” (science test) hay không.

Theo tiêu chuẩn này, hoạt động R&D phải nhằm tạo ra tiến bộ khoa học hoặc công nghệ thông qua việc giải quyết một vấn đề mà ngay cả một chuyên gia có năng lực trong lĩnh vực đó cũng chưa thể dễ dàng xử lý bằng kiến thức hiện có. Vì vậy, các công việc như bảo trì phần mềm, điều chỉnh sản phẩm theo yêu cầu khách hàng hoặc cải tiến kỹ thuật thông thường thường không được coi là R&D, dù doanh nghiệp có thể đầu tư đáng kể về nhân lực và chi phí.[13]

Đây chính là điểm khiến cơ chế ưu đãi thuế R&D khác biệt với hầu hết các chính sách thuế khác. Cơ quan thuế không chỉ kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn hay chứng từ mà còn phải đưa ra một đánh giá mang tính khoa học và công nghệ. Ngay cả đối với Ireland — nơi đã có nhiều thập kỷ kinh nghiệm, một đơn vị kỹ thuật chuyên trách và hệ thống án lệ khá hoàn chỉnh — việc áp dụng “phép thử khoa học” vẫn thường xuyên phát sinh tranh cãi.[14]

Trên thực tế, không ít vụ việc đã phải đưa lên Ủy ban Khiếu nại Thuế do doanh nghiệp và cơ quan thuế có cách hiểu khác nhau về ranh giới giữa hoạt động nghiên cứu thực sự với công việc kỹ thuật thông thường. Điều này không phản ánh khiếm khuyết riêng của mô hình Ireland mà cho thấy bản thân việc đánh giá một hoạt động có phải là R&D hay không vốn đã là một công việc rất phức tạp. Nếu ngay cả một cơ quan thuế có năng lực và kinh nghiệm như Ireland vẫn thường xuyên gặp khó khăn, thì thách thức này sẽ còn lớn hơn nhiều đối với các quốc gia đang phát triển như Việt Nam.

Hệ quả là cơ chế ưu đãi này phát huy hiệu quả nhất đối với các doanh nghiệp lớn, có đội ngũ kế toán và tư vấn thuế chuyên nghiệp, đủ khả năng chuẩn bị hồ sơ và bảo vệ yêu cầu của mình trong trường hợp bị thanh tra. Ngược lại, nhiều doanh nghiệp nhỏ lại lựa chọn không yêu cầu ưu đãi mặc dù có thể đủ điều kiện. Một khảo sát gần đây cho thấy tới 94% doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực có khả năng được hưởng tín dụng thuế R&D vẫn chưa từng sử dụng chính sách này. Nguyên nhân chủ yếu không phải do thiếu nhận thức, mà do chi phí tuân thủ cao và rủi ro phát sinh trong quá trình thanh tra.[15]

Điều này mang lại một bài học quan trọng cho Việt Nam. Một cơ chế ưu đãi thuế được thiết kế theo hướng phổ cập không đồng nghĩa với việc mọi doanh nghiệp đều có khả năng tiếp cận. Mức độ bao trùm của chính sách cuối cùng vẫn phụ thuộc vào năng lực chuẩn bị hồ sơ, khả năng đáp ứng yêu cầu kiểm chứng và mức độ chấp nhận rủi ro của doanh nghiệp. Đây cũng chính là thách thức mà các doanh nghiệp nhỏ và vừa của Việt Nam nhiều khả năng sẽ phải đối mặt nếu cơ chế siêu khấu trừ R&D được mở rộng trong tương lai.

Cùng với việc mở rộng quy mô và mức độ hào phóng của ưu đãi thuế R&D, chi phí tài khóa của Chính phủ Ireland cũng tăng nhanh. Chi riêng cho tín dụng thuế R&D đã tăng từ 708 triệu euro năm 2015 lên 1,158 tỷ euro năm 2022 và 1,407 tỷ euro năm 2023, trở thành khoản chi tiêu thuế lớn nhất trong toàn bộ hệ thống thuế của Ireland. Năm 2024, tổng giá trị các khoản chi tiêu thuế của nước này đạt khoảng 8 tỷ euro, trong đó ưu đãi R&D chiếm tỷ trọng lớn nhất.[16]

Nếu đặt trong tương quan với Tổng thu nhập quốc dân điều chỉnh (GNI*) — thước đo phản ánh chính xác hơn quy mô thực của nền kinh tế Ireland so với GDP thông thường — thì riêng tín dụng thuế R&D hiện đã tương đương gần 0,5% tổng thu nhập quốc dân mỗi năm. Đối với một quốc gia chỉ hơn năm triệu dân, đây là một cam kết tài khóa rất lớn và vẫn đang tiếp tục gia tăng.[17]

Tuy nhiên, chi phí ngân sách chưa phải là thách thức lớn nhất. Vấn đề nghiêm trọng hơn nằm ở cấu trúc nguồn thu thuế doanh nghiệp của Ireland. Trong nhiều năm qua, phần lớn nguồn thu này phụ thuộc vào một số rất ít tập đoàn đa quốc gia, chủ yếu là các doanh nghiệp của Hoa Kỳ. Các quyết định về phân bổ lợi nhuận, sở hữu tài sản trí tuệ hay tái cấu trúc doanh nghiệp của những tập đoàn này có thể tác động đáng kể đến toàn bộ các chỉ tiêu kinh tế vĩ mô của Ireland.

Minh chứng rõ nhất là sự kiện năm 2015, khi Apple chuyển một lượng lớn tài sản vô hình sang Ireland trong quá trình tái cơ cấu doanh nghiệp. Chỉ riêng giao dịch kế toán này đã khiến GDP của Ireland tăng hơn 26% trong một năm, mặc dù năng lực sản xuất thực tế của nền kinh tế hầu như không thay đổi. Mức tăng trưởng bất thường ấy lớn đến mức nhà kinh tế Paul Krugman đã gọi hiện tượng này là “leprechaun economics” (kinh tế học yêu tinh) — một cách mỉa mai nhằm chỉ sự méo mó của các số liệu thống kê kinh tế do hoạt động tối ưu hóa thuế của các tập đoàn đa quốc gia.[18]

Cũng chính mô hình thu hút đầu tư dựa trên ưu đãi thuế đã đưa Ireland vào cuộc tranh chấp kéo dài với Liên minh châu Âu. Năm 2016, Ủy ban châu Âu kết luận rằng Ireland đã dành cho Apple những ưu đãi thuế có tính chọn lọc, cấu thành hành vi viện trợ nhà nước trái với quy định của EU, và yêu cầu truy thu khoảng 13 tỷ euro tiền thuế. Mặc dù Chính phủ Ireland ban đầu phản đối quyết định này, Tòa án Công lý Liên minh châu Âu cuối cùng vẫn giữ nguyên phán quyết vào năm 2024.[19]

Tuy nhiên, sẽ là thiếu công bằng nếu chỉ nhìn vào những rủi ro mà bỏ qua các thành quả của mô hình Ireland. Trên thực tế, sự kết hợp giữa mức thuế thu nhập doanh nghiệp thấp và các ưu đãi R&D hào phóng đã góp phần đưa Ireland trở thành một trong những trung tâm đầu tư công nghệ cao quan trọng nhất châu Âu. Apple, Google, Microsoft, Meta, Intel, Pfizer và nhiều tập đoàn đa quốc gia khác đều đặt các hoạt động sản xuất, nghiên cứu hoặc trụ sở khu vực tại đây. Khu vực doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tạo ra hàng trăm nghìn việc làm chất lượng cao và đóng góp đáng kể vào chi tiêu R&D của nền kinh tế.

Nói cách khác, những vấn đề như sự phụ thuộc vào một số ít tập đoàn đa quốc gia, hiện tượng méo mó thống kê hay rủi ro tài khóa không phải là bằng chứng cho thấy mô hình Ireland thất bại. Ngược lại, chúng phần lớn là hệ quả của chính thành công mà mô hình này tạo ra. Ireland đã đạt được mục tiêu cốt lõi là thu hút đầu tư có hàm lượng công nghệ và cường độ R&D rất cao, nhưng đồng thời cũng phải chấp nhận những rủi ro đi kèm với chiến lược đó.

Nhận thức rõ tính mong manh của mô hình, Chính phủ Ireland gần đây đã có những điều chỉnh quan trọng. Một phần đáng kể nguồn thu thuế doanh nghiệp tăng đột biến trong những năm gần đây được chuyển vào các quỹ dự trữ dài hạn thay vì sử dụng cho chi tiêu thường xuyên. Đây là cách Chính phủ thừa nhận rằng nguồn thu hiện nay có thể không bền vững và không nên được coi là cơ sở lâu dài để mở rộng chi tiêu công.

Bên cạnh đó, Ireland cũng phải điều chỉnh hệ thống ưu đãi thuế nhằm thích ứng với Trụ cột 2 (Pillar Two) của OECD về thuế tối thiểu toàn cầu. Theo cơ chế mới, các tập đoàn đa quốc gia lớn phải chịu mức thuế hiệu dụng tối thiểu 15%, bất kể lợi nhuận được ghi nhận ở đâu. Điều này làm suy giảm đáng kể hiệu quả của các chính sách cạnh tranh thuế truyền thống.[20]

Để bảo toàn sức hấp dẫn của hệ thống ưu đãi R&D, Ireland đã thiết kế tín dụng thuế của mình theo tiêu chuẩn Qualified Refundable Tax Credit (QRTC – Tín dụng Thuế Hoàn lại đủ Điều kiện). Với cách thiết kế này, khoản tín dụng thuế được coi là một khoản hoàn trả bằng tiền mặt đủ điều kiện thay vì một khoản giảm thuế thông thường, qua đó không làm giảm mức thuế hiệu dụng khi tính theo quy định của Trụ cột 2. Đồng thời, Ireland cũng điều chỉnh thuế suất doanh nghiệp để phù hợp với chuẩn mực quốc tế mới.

Nhìn tổng thể, kinh nghiệm Ireland không nên được hiểu đơn giản là một mô hình thành công cần sao chép, cũng không phải là một bài học thất bại cần tránh. Giá trị lớn nhất của trường hợp này nằm ở chỗ nó cho thấy một cơ chế ưu đãi thuế R&D diện rộng hoàn toàn có thể trở thành công cụ rất hiệu quả để thu hút đầu tư công nghệ cao và thúc đẩy hoạt động nghiên cứu của khu vực tư nhân. Tuy nhiên, thành công đó luôn đi kèm những đánh đổi về tài khóa, về thống kê kinh tế và về khả năng thích ứng với những thay đổi của môi trường thuế quốc tế. Đây chính là những yếu tố Việt Nam cần cân nhắc nếu muốn mở rộng chính sách ưu đãi thuế đối với R&D trong tương lai.

Mô hình lai của Singapore: Kết hợp ưu đãi thuế diện rộng với cơ chế xét duyệt có chọn lọc

Nếu Ireland đặt trọng tâm gần như hoàn toàn vào chính sách thuế, thì Singapore lựa chọn một cách tiếp cận linh hoạt hơn. Thay vì dựa vào một công cụ duy nhất, nước này kết hợp hai cơ chế song song: một hệ thống ưu đãi thuế mang tính phổ cập dành cho mọi doanh nghiệp đáp ứng điều kiện theo luật định và một hệ thống ưu đãi có chọn lọc dành cho các dự án chiến lược được Chính phủ trực tiếp thẩm định.

Ở tầng phổ cập, Luật Thuế thu nhập Singapore cho phép doanh nghiệp được khấu trừ 100% chi phí R&D như một khoản chi phí kinh doanh thông thường, đồng thời được hưởng thêm khoản khấu trừ tăng cường. Kể từ khi Chương trình Đổi mới Doanh nghiệp (Enterprise Innovation Scheme – EIS) được triển khai năm 2023, tổng mức khấu trừ đối với 400.000 đô la Singapore chi phí R&D hợp lệ đầu tiên trong mỗi năm đã được nâng lên 400%. Các khoản chi cho đăng ký quyền sở hữu trí tuệ hoặc mua tài sản trí tuệ cũng được hưởng cơ chế ưu đãi tương tự, với mức khấu trừ từ 300% đến 400%. Chương trình này hiện được gia hạn đến năm đánh giá thuế 2028.[21]

Điểm đáng chú ý là toàn bộ cơ chế trên được vận hành theo nguyên tắc tự kê khai. Doanh nghiệp không cần xin phê duyệt trước cũng không phải đàm phán với bất kỳ cơ quan nào. Chỉ cần đáp ứng các điều kiện luật định, doanh nghiệp có thể trực tiếp kê khai khoản khấu trừ trong hồ sơ thuế của mình. Cơ quan Thuế vụ Singapore (IRAS) chỉ tiến hành kiểm tra sau đó khi cần thiết.

Cách thiết kế này phản ánh một sự lựa chọn có chủ đích. IRAS chủ yếu xác minh khoản chi có thực sự phát sinh hay không, thay vì phải đánh giá sâu về bản chất khoa học của từng dự án nghiên cứu như mô hình Ireland. Nhờ vậy, gánh nặng kiểm chứng đối với cơ quan thuế được giảm đáng kể, đồng thời doanh nghiệp cũng dễ tiếp cận chính sách hơn.

Singapore cũng dành sự quan tâm nhất định tới các doanh nghiệp khởi nghiệp và doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu phát triển. Đối với những doanh nghiệp chưa phát sinh nghĩa vụ thuế, chương trình EIS cho phép chuyển đổi một phần ưu đãi thuế thành khoản hỗ trợ bằng tiền mặt. Cụ thể, doanh nghiệp có thể nhận khoản tiền tương đương 20% chi phí hợp lệ, trên mức chi tối đa 100.000 đô la Singapore, tức giá trị hỗ trợ tối đa là 20.000 đô la Singapore mỗi năm.[22]

Tuy nhiên, mức hỗ trợ này không nên được nhìn nhận như một cơ chế tài trợ quy mô lớn. Trước hết, doanh nghiệp phải đáp ứng điều kiện sử dụng tối thiểu ba lao động toàn thời gian tại Singapore trong một khoảng thời gian nhất định. Bên cạnh đó, mức trần 20.000 đô la Singapore chỉ đủ hỗ trợ các doanh nghiệp ở giai đoạn rất sớm hoặc có quy mô nghiên cứu còn nhỏ. Khi chi phí R&D tăng lên, giá trị của khoản hỗ trợ bằng tiền nhanh chóng trở nên khiêm tốn so với lợi ích mà cơ chế khấu trừ 400% mang lại cho các doanh nghiệp đã có lợi nhuận.

Nói cách khác, Singapore đã giải quyết một phần hạn chế cố hữu của các ưu đãi thuế phụ thuộc vào lợi nhuận, nhưng chưa loại bỏ hoàn toàn vấn đề này. Những doanh nghiệp còn thua lỗ vẫn được hỗ trợ, song mức hỗ trợ chỉ mang tính chất “đệm an toàn” trong giai đoạn đầu, chứ chưa đủ để thay thế lợi ích mà các doanh nghiệp có lãi nhận được thông qua cơ chế khấu trừ thuế.

Bên cạnh cơ chế phổ cập, Singapore còn vận hành một tầng ưu đãi hoàn toàn khác dành cho các dự án có ý nghĩa chiến lược. Trọng tâm của tầng này là Ưu đãi Phát triển Tài sản Trí tuệ (Intellectual Property Development Incentive – IDI), cho phép áp dụng mức thuế suất ưu đãi 5%, 8%, 10% hoặc 15% đối với thu nhập từ tài sản trí tuệ đủ điều kiện.[23]

Không giống cơ chế khấu trừ phổ cập, IDI không phải là một quyền lợi mà doanh nghiệp tự động được hưởng. Doanh nghiệp phải trực tiếp đàm phán với Ủy ban Phát triển Kinh tế Singapore (EDB). Trên cơ sở đánh giá quy mô đầu tư, năng lực công nghệ và đóng góp chiến lược của dự án, EDB mới quyết định có cấp ưu đãi hay không và ở mức độ nào.

Trong thực tế, IDI thường được triển khai cùng với các chương trình ưu đãi khác như Pioneer Certificate Incentive (Ưu đãi Chứng chỉ Tiên phong) hoặc Development and Expansion Incentive (Ưu đãi Phát triển và Mở rộng). Cả ba công cụ này đều dựa trên cùng một nguyên tắc: Nhà nước chủ động lựa chọn và hỗ trợ những dự án được đánh giá có giá trị chiến lược đặc biệt đối với nền kinh tế Singapore.[24]

Điều đáng chú ý là cách phân chia này phản ánh rất rõ triết lý quản trị của Singapore. Đối với các doanh nghiệp thông thường, Chính phủ cố gắng tối đa hóa tính minh bạch và khả năng dự báo bằng một cơ chế tự động, ít phụ thuộc vào quyền quyết định của cán bộ thực thi. Ngược lại, đối với những khoản đầu tư quy mô lớn hoặc có ý nghĩa chiến lược, Chính phủ chấp nhận sử dụng cơ chế xét duyệt và đàm phán trực tiếp để bảo đảm nguồn lực công được phân bổ đúng mục tiêu.

Nhìn rộng hơn, đây cũng chính là triết lý đã xuất hiện trong các chương trước của cuốn sách. Dù là đầu tư vốn thông qua EDBI và SEEDS Capital hay ưu đãi thuế dành cho tài sản trí tuệ, Singapore đều nhất quán trong việc kết hợp giữa công cụ dựa trên quy tắc với công cụ dựa trên sự lựa chọn chiến lược của Nhà nước, thay vì tuyệt đối hóa một trong hai cách tiếp cận.

Mặc dù được đánh giá là một trong những hệ thống ưu đãi R&D được thiết kế và vận hành hiệu quả nhất thế giới, mô hình của Singapore vẫn bộc lộ những giới hạn đáng chú ý. Quan trọng nhất là ưu đãi thuế, dù được quản lý tốt đến đâu, cũng không thể tự tạo ra một khu vực doanh nghiệp đổi mới sáng tạo bản địa đủ mạnh.

Trong giai đoạn đầu triển khai chiến lược đổi mới sáng tạo, tỷ lệ chi tiêu R&D của Singapore trên GDP tăng nhanh và đạt đỉnh khoảng 2,6% vào năm 2008. Tuy nhiên, kể từ đó đến nay, chỉ tiêu này gần như không tăng thêm, mặc dù Chính phủ liên tục mở rộng ngân sách dành cho nghiên cứu khoa học và đổi mới sáng tạo.[25]

Nguyên nhân chủ yếu không nằm ở thiết kế của chính sách thuế mà ở cấu trúc của nền kinh tế Singapore. Phần lớn hoạt động R&D trong khu vực tư nhân vẫn do các tập đoàn đa quốc gia thực hiện. Tỷ trọng chi tiêu R&D của doanh nghiệp nước ngoài tăng từ khoảng 65–70% trong thập niên 2000 lên hơn 75% trong thập niên 2010, cho thấy phần lớn thành quả của các chính sách ưu đãi vẫn tập trung vào khu vực doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.[26]

Nói cách khác, Singapore đã rất thành công trong việc thu hút và giữ chân các trung tâm nghiên cứu của các tập đoàn đa quốc gia. Tuy nhiên, thành công đó không đồng nghĩa với việc khu vực doanh nghiệp nội địa cũng gia tăng năng lực nghiên cứu với tốc độ tương ứng. Ngay cả nhiều doanh nghiệp Singapore đã có quy mô lớn hoặc doanh nghiệp liên kết với Nhà nước cũng chưa đầu tư cho R&D ở mức tương xứng với kỳ vọng của Chính phủ.

Điều này làm nảy sinh một hiện tượng mà nhiều học giả Singapore gần đây gọi là “rò rỉ đổi mới sáng tạo” (innovation leakage). Singapore đầu tư đáng kể vào đào tạo nguồn nhân lực nghiên cứu, xây dựng các viện nghiên cứu hiện đại và tạo dựng môi trường thuận lợi cho hoạt động R&D. Tuy nhiên, phần lớn giá trị kinh tế được tạo ra từ những hoạt động đó cuối cùng lại thuộc về các tập đoàn đa quốc gia, thay vì góp phần hình thành một khu vực doanh nghiệp công nghệ nội địa đủ sức dẫn dắt tăng trưởng trong dài hạn.[27]

Đây là một bài học có ý nghĩa đặc biệt đối với Việt Nam. Khi xây dựng chính sách ưu đãi thuế R&D, mục tiêu không nên chỉ là làm gia tăng tổng chi tiêu R&D diễn ra trên lãnh thổ quốc gia. Quan trọng hơn, chính sách cần góp phần hình thành và phát triển một khu vực doanh nghiệp trong nước có năng lực đổi mới sáng tạo ngày càng cao. Nếu không, ưu đãi thuế rất có thể chỉ làm tăng quy mô hoạt động nghiên cứu của các doanh nghiệp nước ngoài mà không tạo ra sự chuyển biến căn bản về năng lực công nghệ của nền kinh tế.

Singapore cũng cho thấy ưu đãi thuế chỉ là một thành tố trong một chiến lược đổi mới sáng tạo rộng lớn hơn. Trong hơn hai thập kỷ qua, Chính phủ nước này liên tục triển khai các kế hoạch Research, Innovation and Enterprise (RIE) theo chu kỳ năm năm, với mức đầu tư công tương đương khoảng 1% GDP mỗi năm. Gói RIE2025 hiện có quy mô 28 tỷ đô la Singapore, trong khi chương trình kế tiếp RIE2030 được công bố với ngân sách 37 tỷ đô la Singapore, tăng khoảng 32% so với giai đoạn trước. Bình quân mỗi năm, Singapore dành hơn 7 tỷ đô la Singapore cho nghiên cứu khoa học, đổi mới sáng tạo và phát triển doanh nghiệp. Nguồn lực này không chỉ được sử dụng để tài trợ nghiên cứu cơ bản mà còn được phân bổ cho các chương trình phát triển công nghệ chiến lược, hỗ trợ doanh nghiệp đổi mới sáng tạo, đào tạo nhân lực chất lượng cao và đầu tư vào các lĩnh vực mới nổi. Điều đó cho thấy ưu đãi thuế không vận hành một cách độc lập mà luôn được đặt trong một hệ sinh thái chính sách rộng hơn, nơi đầu tư công, phát triển nhân lực và chiến lược công nghiệp hỗ trợ lẫn nhau. [28]

Bối cảnh Việt Nam

Một kiến trúc ưu đãi hẹp, dựa trên cơ chế tiền kiểm

Việt Nam hiện đã xây dựng một hệ thống ưu đãi thuế tương đối đa dạng nhằm khuyến khích hoạt động R&D. Trên phương diện pháp lý, đây là một hệ thống khá hào phóng. Các dự án công nghệ cao và R&D đủ điều kiện có thể được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi 10% trong 15 năm hoặc 17% trong 10 năm, đồng thời được miễn thuế trong bốn năm đầu và giảm 50% số thuế phải nộp trong chín năm tiếp theo. Đối với các trung tâm R&D công nghệ cao chuyên biệt, thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi 10% có thể kéo dài tới 25 năm.[29]

Tuy nhiên, vấn đề của hệ thống hiện nay không nằm ở mức độ ưu đãi, mà ở điều kiện tiếp cận ưu đãi. Muốn được hưởng các chính sách này, doanh nghiệp trước hết phải được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao. Đây là một quy trình chứng nhận với nhiều tiêu chí khá khắt khe. Trong ba năm liên tiếp, doanh nghiệp phải duy trì chi phí R&D tối thiểu bằng 1% doanh thu, doanh thu từ sản phẩm công nghệ cao phải chiếm từ 60% đến 70% tổng doanh thu, đồng thời đáp ứng các yêu cầu về cơ cấu lao động nghiên cứu, trình độ chuyên môn và hệ thống kế toán.[30]

Những điều kiện này nhìn chung không phải là rào cản đối với các doanh nghiệp công nghệ đã phát triển ổn định. Nhưng đối với các doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, đặc biệt là những doanh nghiệp chưa tạo ra doanh thu hoặc mới bước vào giai đoạn thương mại hóa sản phẩm, các tiêu chí trên gần như không thể đáp ứng. Đây chính là một nghịch lý của hệ thống hiện hành. Chính những doanh nghiệp cần được hỗ trợ nhất lại là nhóm khó có khả năng tiếp cận ưu đãi nhất.

Không chỉ các tiêu chí định lượng, ngay cả quy trình chứng nhận cũng đòi hỏi doanh nghiệp phải có năng lực quản trị tương đối hoàn thiện. Hồ sơ xin chứng nhận bao gồm báo cáo tài chính đã được kiểm toán, báo cáo chi tiết về chi phí R&D, hồ sơ nhân sự, tài liệu chứng minh việc tuân thủ các quy định về môi trường và nhiều loại giấy tờ khác.[31] Trên lý thuyết, Bộ Khoa học và Công nghệ chỉ mất khoảng 30 ngày để thẩm định sau khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ. Tuy nhiên, thời gian chuẩn bị toàn bộ hồ sơ thường kéo dài hơn nhiều, đặc biệt đối với các doanh nghiệp mới thành lập.

Nói cách khác, kiến trúc ưu đãi hiện nay của Việt Nam được xây dựng theo logic “chứng nhận trước, ưu đãi sau”. Doanh nghiệp chỉ được tiếp cận chính sách sau khi đã chứng minh mình đáp ứng đầy đủ các tiêu chí mà Nhà nước đặt ra. Xét từ góc độ quản lý nhà nước, đây là một lựa chọn có cơ sở. Việc tiền kiểm giúp giảm đáng kể rủi ro thất thu ngân sách và hạn chế tình trạng doanh nghiệp lợi dụng chính sách ưu đãi. Tuy nhiên, đổi lại, cơ chế này cũng làm gia tăng đáng kể chi phí tuân thủ và vô tình tạo ra rào cản đối với các doanh nghiệp nhỏ, đặc biệt là doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.

Bên cạnh các ưu đãi thuế suất, Việt Nam còn cho phép doanh nghiệp trích lập Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ từ lợi nhuận trước thuế để tài trợ cho hoạt động R&D của chính mình. Đây là một công cụ có ý nghĩa nhất định trong việc khuyến khích doanh nghiệp tái đầu tư cho đổi mới sáng tạo. Tuy nhiên, về bản chất, cơ chế này cũng phụ thuộc vào cùng một điều kiện tiên quyết: doanh nghiệp phải có lợi nhuận. Điều đó đồng nghĩa với việc những doanh nghiệp chưa tạo ra lợi nhuận — vốn là đặc điểm phổ biến của các doanh nghiệp khởi nghiệp công nghệ trong giai đoạn đầu — hầu như không thể hưởng lợi từ công cụ này.[32]

Nếu đặt các chính sách hiện hành cạnh nhau, có thể thấy một đặc điểm chung khá rõ. Dù là ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp công nghệ cao, Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ, Quỹ Hỗ trợ đầu tư được phân tích ở Chương 2 hay cơ chế hỗ trợ của NATIF ở Chương 1, tất cả đều dựa trên cùng một logic: doanh nghiệp phải đáp ứng trước một số điều kiện về quy mô, doanh thu, lợi nhuận hoặc chứng nhận thì mới được tiếp cận hỗ trợ của Nhà nước.

Đây không hẳn là một lựa chọn chính sách sai lầm. Trên thực tế, cách tiếp cận này phản ánh một giới hạn về năng lực thực thi của bộ máy nhà nước. Khi cơ quan thuế hoặc cơ quan quản lý chưa đủ khả năng đánh giá trực tiếp chất lượng của một dự án R&D, việc sử dụng các tiêu chí dễ kiểm chứng hơn như doanh thu, lợi nhuận hoặc chứng nhận là một giải pháp hợp lý nhằm giảm thiểu rủi ro. Nói cách khác, mô hình hiện nay không chỉ là kết quả của tư duy chính sách, mà còn phản ánh năng lực thể chế hiện có của Việt Nam.

Cơ chế siêu khấu trừ theo Nghị định 320: Một bước tiến quan trọng nhưng chưa hoàn chỉnh

Việc ban hành Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp mới cùng Nghị định 320 hướng dẫn thi hành, có hiệu lực từ cuối năm 2025, đánh dấu bước chuyển đáng kể trong chính sách ưu đãi R&D của Việt Nam. Lần đầu tiên, hệ thống thuế cho phép áp dụng cơ chế siêu khấu trừ (super deduction) đối với chi phí nghiên cứu và phát triển trên diện rộng, thay vì chỉ giới hạn trong các doanh nghiệp đã được chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao.

Theo quy định mới, các khoản chi hợp lệ cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số được phép khấu trừ tới 200% chi phí thực tế khi xác định thu nhập chịu thuế, với điều kiện khoản chi đó không được tài trợ từ Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ của chính doanh nghiệp.[33]

Xét về cấu trúc, đây là thay đổi có ý nghĩa quan trọng. Trước đây, doanh nghiệp phải vượt qua quy trình chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao mới có thể tiếp cận ưu đãi. Nay, về nguyên tắc, bất kỳ doanh nghiệp nào có phát sinh chi phí R&D hợp lệ đều có thể hưởng cơ chế siêu khấu trừ. Điều này đưa Việt Nam tiến gần hơn tới mô hình ưu đãi thuế diện rộng đang được nhiều quốc gia áp dụng.

Tuy nhiên, thay đổi này chưa đồng nghĩa với việc Việt Nam đã chuyển sang mô hình của Ireland hay Singapore. Điểm khác biệt quan trọng nằm ở một quy định tương đối ít được chú ý trong Nghị định 320: khoản siêu khấu trừ không được làm phát sinh hoặc gia tăng khoản lỗ chịu thuế. Điều đó có nghĩa là doanh nghiệp chỉ được hưởng ưu đãi khi vẫn còn thu nhập chịu thuế sau khi áp dụng khoản khấu trừ.[34]

Quy định này có ý nghĩa lớn hơn nhiều so với vẻ bề ngoài của nó. Đối với phần lớn doanh nghiệp đã đi vào hoạt động ổn định và có lợi nhuận, cơ chế siêu khấu trừ mang lại lợi ích tài chính rõ rệt. Nhưng đối với các doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo — vốn thường chấp nhận thua lỗ trong nhiều năm đầu để đầu tư cho nghiên cứu và phát triển — quy định này gần như loại bỏ toàn bộ giá trị thực tế của chính sách. Đây cũng chính là nhóm doanh nghiệp mà các chính sách hỗ trợ đổi mới sáng tạo thường hướng tới.

Nếu so sánh với hai trường hợp quốc tế được phân tích ở trên, khác biệt càng trở nên rõ ràng hơn. Ireland cho phép doanh nghiệp nhận tín dụng thuế hoàn lại bằng tiền mặt, ngay cả khi chưa phát sinh nghĩa vụ thuế. Singapore cũng thiết kế một cơ chế chuyển đổi một phần ưu đãi thuế thành hỗ trợ tiền mặt dành cho các doanh nghiệp đang thua lỗ, dù quy mô hỗ trợ còn khá khiêm tốn.

Trong khi đó, cơ chế siêu khấu trừ của Việt Nam vẫn gắn chặt với điều kiện doanh nghiệp phải có lợi nhuận chịu thuế. Vì vậy, về bản chất, chính sách mới chưa thay đổi logic nền tảng của hệ thống hiện hành mà chỉ mở rộng phạm vi áp dụng của cùng một mô hình ưu đãi dựa trên lợi nhuận. Đây là một bước tiến đáng kể, nhưng chưa phải là sự thay đổi mang tính bước ngoặt. Nói cách khác, Nghị định 320 giúp nhiều doanh nghiệp đang hoạt động có thể tiếp cận ưu đãi hơn trước, song vẫn chưa giải quyết được trở ngại lớn nhất đối với các doanh nghiệp công nghệ ở giai đoạn đầu phát triển: họ chưa tạo ra lợi nhuận để có thể hưởng ưu đãi thuế.

Thách thức thực sự không nằm ở luật, mà ở năng lực thực thi

Ngay cả đối với những doanh nghiệp có thể tiếp cận cơ chế siêu khấu trừ, hiệu quả của chính sách vẫn phụ thuộc vào một điều kiện quan trọng hơn: năng lực kiểm chứng của cơ quan thuế.

Trong những năm gần đây, Tổng cục Thuế đã đạt nhiều tiến bộ đáng kể trong hiện đại hóa quản lý thuế. Việc triển khai hóa đơn điện tử trên phạm vi toàn quốc, cùng các quy định mới về chứng từ và hồ sơ thuế, giúp cơ quan thuế có khả năng theo dõi các giao dịch của doanh nghiệp theo thời gian thực và xác minh tương đối chính xác các khoản chi đã phát sinh.

Tuy nhiên, đây mới chỉ là một nửa của bài toán. Hệ thống hóa đơn điện tử có thể chứng minh rằng doanh nghiệp đã mua một thiết bị, thuê một chuyên gia hay chi trả một khoản tiền nhất định. Nhưng từ những dữ liệu đó không thể kết luận liệu khoản chi ấy có thực sự phục vụ cho hoạt động nghiên cứu và phát triển hay chỉ là chi phí vận hành thông thường được kê khai dưới danh nghĩa R&D.[35]

Đây chính là sự khác biệt căn bản giữa kiểm toán tài chính và đánh giá khoa học – công nghệ. Muốn xác định một khoản chi có đủ điều kiện hưởng siêu khấu trừ hay không, cơ quan thuế phải trả lời những câu hỏi vượt ra ngoài chuyên môn truyền thống của ngành thuế. Chẳng hạn, hoạt động đó có tạo ra tri thức mới hay không? Có giải quyết được một bất định khoa học hoặc công nghệ thực sự hay chỉ là cải tiến kỹ thuật thông thường? Đây đều là những đánh giá mang tính chuyên môn mà ngay cả các cơ quan thuế ở những nước phát triển cũng thường phải dựa vào đội ngũ chuyên gia kỹ thuật hoặc các hội đồng độc lập.

Kinh nghiệm của Ireland cho thấy ngay cả khi đã xây dựng được một bộ máy chuyên trách với nhiều thập kỷ kinh nghiệm, việc phân định ranh giới giữa R&D và hoạt động kỹ thuật thông thường vẫn thường xuyên phát sinh tranh chấp. Vì vậy, sẽ không thực tế nếu kỳ vọng cơ quan thuế Việt Nam có thể ngay lập tức thực hiện tốt nhiệm vụ này chỉ dựa trên các công cụ quản lý hóa đơn và chứng từ.

Đây cũng là lý do vì sao thách thức lớn nhất của cơ chế siêu khấu trừ không nằm ở bản thân quy định của Nghị định 320, mà ở năng lực thể chế cần thiết để thực thi quy định đó. Một chính sách được thiết kế rất hào phóng sẽ khó phát huy hiệu quả nếu cơ quan thực thi không có đủ công cụ và chuyên môn để xác định đâu là hoạt động R&D thực sự.

Đến đây, câu hỏi cốt lõi mà chương này đặt ra ngay từ phần mở đầu trở nên rõ ràng hơn: Việt Nam hiện đã có đủ năng lực thể chế để vận hành một cơ chế ưu đãi thuế R&D diện rộng hay chưa?

Câu trả lời, theo chúng tôi, vẫn là chưa. Điều này không có nghĩa Việt Nam không nên mở rộng ưu đãi thuế cho R&D. Vấn đề nằm ở chỗ một công cụ như cơ chế siêu khấu trừ chỉ có thể vận hành hiệu quả nếu đi kèm một hệ thống kiểm chứng đủ tin cậy. Trong khi đó, năng lực này hiện vẫn đang trong quá trình hình thành.

Nếu việc kiểm tra chỉ dừng ở xác minh hóa đơn và chứng từ, nguy cơ lớn nhất là nhiều khoản chi cho bảo trì phần mềm, cải tiến kỹ thuật thông thường hoặc chuyển đổi số sẽ được kê khai thành chi phí R&D để hưởng mức siêu khấu trừ 200%. Đây chính là loại rủi ro mà Cơ quan Thuế Ireland phải xử lý thông qua các cuộc thanh tra kỹ thuật và hệ thống án lệ được tích lũy trong nhiều năm.

Ngược lại, nếu Việt Nam yêu cầu mọi doanh nghiệp phải trải qua một quy trình thẩm định kỹ thuật trước khi được hưởng ưu đãi, thì cơ chế siêu khấu trừ sẽ quay trở lại đúng mô hình mà nó được thiết kế để thay thế. Khi đó, doanh nghiệp lại phải xin xác nhận, chờ phê duyệt và đáp ứng hàng loạt điều kiện trước khi được tiếp cận chính sách. Nói cách khác, lợi thế lớn nhất của một công cụ dựa trên tự kê khai sẽ gần như biến mất.

Đây là hai cực của cùng một bài toán. Ở một đầu là nguy cơ thất thu ngân sách do cơ chế kiểm soát quá lỏng lẻo. Ở đầu kia là nguy cơ mất hiệu quả chính sách do cơ chế kiểm soát quá chặt chẽ. Không có lựa chọn nào hoàn toàn miễn phí. Vì vậy, điều quan trọng không phải là cố gắng loại bỏ toàn bộ rủi ro, mà là tìm được điểm cân bằng giữa hai mục tiêu: tạo điều kiện cho doanh nghiệp tiếp cận ưu đãi, đồng thời bảo đảm ngân sách nhà nước không bị lợi dụng.

Ngay cả khi khung pháp lý được thiết kế hợp lý và cơ quan thuế đủ năng lực thực thi, một yếu tố khác vẫn có thể làm suy giảm hiệu quả của chính sách: hành vi của chính doanh nghiệp. Kinh nghiệm của Ireland cho thấy nhiều doanh nghiệp nhỏ dù đủ điều kiện vẫn không yêu cầu tín dụng thuế R&D. Nguyên nhân không phải vì họ không biết đến chính sách, mà vì lợi ích kỳ vọng từ khoản ưu đãi không đủ lớn để bù đắp chi phí tuân thủ và rủi ro phát sinh nếu bị thanh tra.

Doanh nghiệp Việt Nam nhiều khả năng sẽ có phản ứng tương tự. Trong Chương 2, cuốn sách đã chỉ ra rằng phần lớn doanh nghiệp nhỏ và vừa của Việt Nam gặp nhiều khó khăn khi tiếp cận các chương trình bảo lãnh tín dụng do yêu cầu về hồ sơ và thủ tục. Cơ chế siêu khấu trừ R&D cũng đặt ra một bài toán tương tự. Nếu việc chuẩn bị hồ sơ quá phức tạp hoặc doanh nghiệp không chắc liệu khoản chi của mình có được cơ quan thuế chấp nhận hay không, nhiều doanh nghiệp sẽ lựa chọn giải pháp an toàn là không yêu cầu ưu đãi, ngay cả khi về nguyên tắc họ đủ điều kiện.

Điều đó cho thấy hiệu quả của chính sách không chỉ phụ thuộc vào thiết kế pháp lý hay năng lực của cơ quan nhà nước, mà còn chịu tác động đáng kể từ chi phí tuân thủ mà doanh nghiệp phải gánh chịu. Một chính sách càng phức tạp thì khoảng cách giữa quyền được hưởng trên giấy tờ và mức độ sử dụng trên thực tế càng lớn.

Kinh nghiệm của Ireland cũng gợi mở một cách tiếp cận thực tế hơn. Trên thực tế, Cơ quan Thuế Ireland không tiến hành thẩm định trước đối với mọi yêu cầu hưởng tín dụng thuế R&D. Thay vào đó, cơ quan này duy trì một bộ phận chuyên môn có khả năng huy động các chuyên gia khoa học và công nghệ độc lập để kiểm tra có chọn lọc những hồ sơ có giá trị lớn hoặc có mức độ rủi ro cao. Quan trọng không kém, Ireland đã xây dựng được một hệ thống hướng dẫn nghiệp vụ và án lệ khá đầy đủ. Nhờ đó, doanh nghiệp và các đơn vị tư vấn có thể dự đoán với độ tin cậy tương đối cao những loại hoạt động nào sẽ được chấp nhận là R&D và những trường hợp nào có nguy cơ bị bác bỏ.

Việt Nam không nhất thiết phải sao chép toàn bộ mô hình này. Tuy nhiên, kinh nghiệm của Ireland cho thấy điều cần xây dựng trước hết không phải là một bộ máy thanh tra quy mô lớn, mà là một năng lực đánh giá kỹ thuật chuyên trách. Trong giai đoạn đầu, Việt Nam có thể thành lập một đơn vị nhỏ hoạt động theo cơ chế phối hợp giữa Bộ Khoa học và Công nghệ và Tổng cục Thuế, tập trung rà soát các hồ sơ có giá trị lớn hoặc có mức độ rủi ro cao thay vì kiểm tra toàn bộ các yêu cầu hưởng ưu đãi. Song song với đó, cần từng bước xây dựng hệ thống hướng dẫn, tình huống điển hình và các quyết định giải thích chính sách được công bố công khai. Những tài liệu này sẽ giúp doanh nghiệp hiểu rõ tiêu chí áp dụng, giảm chi phí tuân thủ và tăng khả năng tự đánh giá trước khi kê khai.

Đây là một quá trình xây dựng năng lực thể chế kéo dài nhiều năm, chứ không thể hoàn thành chỉ bằng việc ban hành thêm một nghị định hoặc thông tư. Cũng vì vậy, cải cách ưu đãi thuế R&D không nên chỉ được nhìn nhận như một sửa đổi của pháp luật thuế, mà là một chương trình nâng cao năng lực quản trị nhà nước trong lĩnh vực đổi mới sáng tạo.

Khuyến nghị chính sách

Ngắn hạn

·         Đánh giá sớm hiệu quả của cơ chế siêu khấu trừ R&D. Ngay sau chu kỳ kê khai đầu tiên theo Nghị định 320, Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế nên tiến hành một đánh giá độc lập về việc thực thi cơ chế siêu khấu trừ 200%. Mục tiêu không chỉ là xác định số lượng doanh nghiệp tham gia, mà còn phải lượng hóa các rủi ro phát sinh, đặc biệt là khả năng các khoản chi thông thường bị kê khai thành chi phí R&D. Một đánh giá sớm sẽ giúp nhận diện khoảng trống về năng lực thực thi trước khi chúng chuyển thành thất thu ngân sách hoặc làm suy giảm niềm tin vào chính sách.

·         Thành lập bộ phận đánh giá kỹ thuật chuyên trách. Tổng cục Thuế nên thành lập một đơn vị chuyên trách, hoạt động theo cơ chế phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ, để hỗ trợ đánh giá các hồ sơ có giá trị lớn hoặc có mức độ rủi ro cao. Trong giai đoạn đầu, đơn vị này không cần kiểm tra toàn bộ các hồ sơ mà chỉ tập trung vào một nhóm mẫu được lựa chọn trên cơ sở đánh giá rủi ro. Cách tiếp cận này vừa giúp tích lũy kinh nghiệm chuyên môn, vừa tránh tạo thêm gánh nặng thủ tục cho doanh nghiệp.

·         Ban hành hướng dẫn chi tiết và dễ tiếp cận. Tổng cục Thuế cần xây dựng hệ thống hướng dẫn rõ ràng về những khoản chi đủ điều kiện và không đủ điều kiện hưởng siêu khấu trừ, đồng thời công bố các tình huống điển hình và ví dụ minh họa. Các tài liệu này nên được trình bày bằng ngôn ngữ đơn giản, hướng tới đối tượng là doanh nghiệp nhỏ và vừa, thay vì chỉ phục vụ các chuyên gia thuế. Mục tiêu là giảm chi phí tuân thủ và giúp doanh nghiệp có thể tự đánh giá trước khi kê khai, tương tự cách Cơ quan Thuế Ireland sử dụng hệ thống hướng dẫn và án lệ để nâng cao tính dự báo của chính sách.

Trung hạn

·         Mở rộng cơ chế siêu khấu trừ đối với doanh nghiệp đang thua lỗ. Nghị định 320 nên được sửa đổi theo hướng cho phép doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo được chuyển phần ưu đãi chưa sử dụng sang các năm sau hoặc, trong một số trường hợp đáp ứng tiêu chí xác định, được nhận hoàn thuế bằng tiền mặt ở mức giới hạn. Điều này sẽ giúp chính sách tiếp cận đúng nhóm doanh nghiệp có cường độ R&D cao nhưng chưa tạo ra lợi nhuận, nhóm mà các nghiên cứu của OECD cho thấy thường tạo ra hiệu quả bổ sung lớn nhất từ ưu đãi thuế.

·         Tách cơ chế siêu khấu trừ khỏi chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao. Việc hưởng cơ chế siêu khấu trừ nên dựa chủ yếu vào bản chất của khoản chi R&D thay vì tình trạng chứng nhận của doanh nghiệp. Trong khi đó, các ưu đãi thuế suất dài hạn vẫn có thể tiếp tục gắn với cơ chế công nhận doanh nghiệp công nghệ cao. Cách phân tách này sẽ giúp Việt Nam tiến gần hơn tới mô hình của Singapore, nơi ưu đãi phổ cập và ưu đãi chiến lược được thiết kế thành hai công cụ có mục tiêu khác nhau.

·         Thể chế hóa năng lực đánh giá kỹ thuật. Đơn vị phối hợp giữa Bộ Khoa học và Công nghệ và Tổng cục Thuế không nên chỉ là một giải pháp tình thế. Về lâu dài, cần phát triển đơn vị này thành một thiết chế thường trực, có khả năng ban hành các kết luận chuyên môn và tích lũy tiền lệ đối với những trường hợp phức tạp. Đây sẽ là nền tảng để từng bước hình thành hệ thống thực tiễn áp dụng chính sách tương tự như vai trò mà các quyết định của Ủy ban Khiếu nại Thuế đang đảm nhiệm tại Ireland.

Dài hạn

·         Đánh giá tác động thực sự của ưu đãi thuế R&D. Sau khi cơ chế siêu khấu trừ vận hành đủ lâu để hình thành cơ sở dữ liệu đáng tin cậy, Chính phủ nên giao thực hiện một nghiên cứu độc lập về tính bổ sung (additionality) của chính sách, tham khảo phương pháp microBeRD+ của OECD. Mục tiêu là xác định phần nào của ưu đãi thực sự tạo ra hoạt động R&D mới và phần nào chỉ hỗ trợ những khoản đầu tư vốn đã được doanh nghiệp dự kiến thực hiện.

·         Nghiên cứu cơ chế ưu đãi đối với thu nhập từ tài sản trí tuệ. Khi năng lực kiểm chứng của cơ quan thuế đã được nâng cao, Việt Nam có thể xem xét xây dựng một cơ chế tương tự Knowledge Development Box dành cho thu nhập từ tài sản trí tuệ được tạo ra từ hoạt động R&D thực hiện trong nước. Nếu triển khai, cơ chế này cần tuân thủ ngay từ đầu nguyên tắc modified nexus của OECD nhằm hạn chế hành vi dịch chuyển lợi nhuận và tài sản trí tuệ.

·         Thiết lập cơ chế giám sát chi tiêu thuế. Quốc hội nên yêu cầu công bố thường niên số liệu về tổng chi phí tài khóa của ưu đãi thuế R&D, số lượng doanh nghiệp thụ hưởng, quy mô doanh nghiệp và cơ cấu ngành nghề. Việc công khai dữ liệu sẽ giúp đánh giá liệu chính sách có đang hỗ trợ đúng nhóm doanh nghiệp mục tiêu hay không, đồng thời tạo cơ sở điều chỉnh khi chi phí ngân sách tăng nhanh hoặc lợi ích tập trung quá mức vào một số doanh nghiệp lớn.

·         Định kỳ rà soát hiệu quả của chính sách. Ưu đãi thuế R&D không nên được coi là một chính sách cố định. Khi quy mô nền kinh tế, năng lực doanh nghiệp và bối cảnh thuế quốc tế thay đổi, cơ chế ưu đãi cũng cần được rà soát và điều chỉnh định kỳ. Điều quan trọng không phải là duy trì một mức ưu đãi cao nhất có thể, mà là bảo đảm rằng mỗi đồng ngân sách từ bỏ thông qua ưu đãi thuế thực sự tạo ra hoạt động đổi mới sáng tạo bổ sung.

Kết luận

Ireland và Singapore không thành công vì tìm ra một mô hình ưu đãi thuế R&D “đúng” cho mọi hoàn cảnh. Thành công của họ đến từ việc thiết kế các công cụ tài khóa phù hợp với năng lực thể chế mà họ đã xây dựng, đồng thời liên tục điều chỉnh các công cụ đó khi năng lực quản trị và môi trường quốc tế thay đổi. Đây mới là bài học quan trọng nhất đối với Việt Nam.

Tuy nhiên, không mô hình nào trong hai quốc gia này hoàn hảo. Ireland đã chứng minh rằng một cơ chế tín dụng thuế R&D diện rộng có thể trở thành công cụ rất hiệu quả để thu hút đầu tư công nghệ cao và thúc đẩy hoạt động nghiên cứu của khu vực tư nhân. Tuy nhiên, thành công đó đi kèm với những đánh đổi đáng kể. Hệ thống ưu đãi của Ireland chủ yếu phục vụ các doanh nghiệp lớn có năng lực tuân thủ cao, làm gia tăng sự phụ thuộc của nguồn thu ngân sách vào một số ít tập đoàn đa quốc gia, đồng thời buộc nước này phải liên tục điều chỉnh chính sách để thích ứng với các quy tắc thuế tối thiểu toàn cầu.

Singapore lựa chọn một con đường khác. Thay vì đặt toàn bộ gánh nặng kiểm chứng lên cơ quan thuế, nước này kết hợp cơ chế ưu đãi thuế phổ cập với các công cụ lựa chọn và đàm phán dành cho các dự án chiến lược. Cách tiếp cận này giúp giảm đáng kể rủi ro quản trị, nhưng cũng không giải quyết được một thách thức quan trọng: sau hơn hai thập kỷ đầu tư mạnh cho nghiên cứu và đổi mới sáng tạo, khu vực doanh nghiệp bản địa của Singapore vẫn chưa phát triển tương xứng với quy mô hoạt động R&D của các tập đoàn đa quốc gia đang hoạt động tại nước này.

Việt Nam đã bắt đầu chuyển đổi theo hướng mở rộng ưu đãi thuế đối với R&D thông qua cơ chế siêu khấu trừ được quy định trong Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp mới và Nghị định 320. Đây là một bước tiến quan trọng, bởi lần đầu tiên hệ thống ưu đãi thuế không còn hoàn toàn phụ thuộc vào cơ chế chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao như trước đây.

Tuy nhiên, cải cách này mới chỉ là bước khởi đầu. Quy định không cho phép cơ chế siêu khấu trừ làm phát sinh hoặc gia tăng khoản lỗ khiến phần lớn doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo vẫn chưa thể hưởng lợi từ chính sách vào giai đoạn họ cần hỗ trợ nhất. Quan trọng hơn, hiệu quả của cơ chế mới cuối cùng vẫn sẽ phụ thuộc vào năng lực của cơ quan thuế trong việc phân biệt giữa hoạt động R&D thực sự với các khoản chi thường xuyên được kê khai dưới danh nghĩa nghiên cứu và phát triển. Đây là năng lực chuyên môn mà Việt Nam mới bắt đầu xây dựng.

Vì vậy, câu hỏi quan trọng nhất không phải là liệu Việt Nam có nên mở rộng ưu đãi thuế R&D hay không, mà là Việt Nam nên mở rộng bằng cách nào. Kinh nghiệm của Ireland và Singapore cho thấy một cơ chế ưu đãi thuế chỉ có thể phát huy hiệu quả khi được đặt trên nền tảng của một hệ thống thực thi đủ năng lực, có khả năng kiểm chứng đáng tin cậy và duy trì được sự cân bằng giữa khuyến khích đổi mới sáng tạo với bảo đảm kỷ luật tài khóa.

Thông điệp cốt lõi của chương này là ưu đãi thuế R&D trước hết là một vấn đề về năng lực thể chế, sau đó mới là một vấn đề về mức độ ưu đãi. Một chính sách càng hào phóng càng đòi hỏi năng lực quản trị tương xứng. Nếu năng lực thực thi không theo kịp, ưu đãi thuế có thể làm gia tăng thất thu ngân sách mà không tạo thêm hoạt động đổi mới sáng tạo. Ngược lại, nếu được triển khai theo một lộ trình phù hợp với năng lực của bộ máy nhà nước, cơ chế ưu đãi thuế có thể trở thành một trong những công cụ hiệu quả nhất để thúc đẩy đầu tư vào nghiên cứu và phát triển của khu vực tư nhân.

Đối với Việt Nam, điều đó có nghĩa là cải cách ưu đãi thuế R&D không nên được hiểu đơn thuần là sửa đổi một số quy định của pháp luật thuế. Đây là một quá trình xây dựng năng lực thể chế, trong đó việc hoàn thiện chính sách và nâng cao năng lực thực thi phải diễn ra đồng thời. Chỉ khi hai quá trình này song hành, ưu đãi thuế mới thực sự trở thành động lực thúc đẩy đổi mới sáng tạo và nâng cao năng lực cạnh tranh của nền kinh tế trong dài hạn.

Bài viết trích từ bản thảo “Vượt ra ngoài gia công: Kinh nghiệm quốc tế về khoa học công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số cho Việt Nam”. Rất mong nhận được ý kiến phản biện, góp ý của quý độc giả. Mọi liên hệ, góp ý xin gửi về: [email protected]. Trân trọng cảm ơn!